Biến đổi khí hậu và nước biển dâng: Các nghiên cứu do các nhà khoa học trong nước và ngoài nước cho thấy Kiên Giang là tỉnh sẽ bị ảnh hưởng nặng nề bởi biến đổi khí hậu và nước biển dâng. Là tỉnh có địa hình khá bằng phẳng, độ cao so với mặt biển thấp, phần lớn đất liền của tỉnh có độ cao từ 0,6 - 1,5 m so với mực nước biển. Theo Carrew- Reid (2008), nếu mực nước biển dâng cao 1 m vào năm 2100 thì có 175.680 ha đất (28,22% diện tích toàn tỉnh) sẽ bị nước biển nhấn chìm. Như vậy phần lớn diện tích rừng tràm, rừng ngập mặn và một sốhệ sinh thái đất ngập nước theo mùa sẽ bị ảnh hưởng nặng nề.

Tác động của các hoạt động phát triển kinh tế xã hội, du lịch và xây dựng hạ tầng đến các hệ sinh thái trên cạn và đất ngập nước làm suy giảm diện tích rừng, suy thoái sinh cảnh

Cháy rừng, đặc biệt nghiêm trọng và thường xảy ra đối với rừng tràm

Việc giữ nước ở chế độ ngập sâu trong một thời gian dài đã làm rừng tràm tự nhiên ở Vườn bị suy thoái nghiêm trọng. Rất nhiều cây tràm bị đổ ngã và chết, dẫn đến đa dạng sinh học bị giảm đặc biệt là các loài chim nước và thú do môi trường sống bị thay đổi và đặc biệt là thiếu nguồn thức ăn.

Tình trạng săn bắt buôn bán động vật hoang dã còn phổ biến: Các loài động vật nói chung và thú nói riêng bị săn bắt để sử dụng tại chỗ và vận chuyển buôn bán tại các đô thị lớn. Nguyên nhân là do tình trạng đói nghèo của người dân trong vùng và nhu cầu tiêu thụ sản phẩm động, thực vật hoang dã của thị trường. Rất nhiều loài động vật hoang (khỉ đuôi dài, khỉ đuôi lợn, sóc vằn lưng, sóc đỏ, sóc chuột, trăn, tắc kè, rắn) bị săn bắn và buôn bán ở nhiều khu vực trong tỉnh như Phú Quốc, U Minh, An Biên – An Minh và Chùa Hang (Kiên Lương).

Qui định về quản lý, bảo vệ rừng và bảo tồn đa dạng sinh học còn yếu. Hiệu quả quản lý tài nguyên rừng của các cấp quản lý chưa cao.

Ô nhiễm môi trường do chất thải sinh hoạt, chất thải công nghiêp, sử dụng phân bón hóa học, thuốc trừ sâu, thuốc diệt côn trùng, thuộc diệt cỏ và diệt chuột.

Hoạt động du lịch: Hoạt động của khách du lịch cũng ảnh hưởng đế đa dạng sinh học của Vườn quốc gia. Hiện nay ngoài du khách đến tham quan còn có một số khách đến câu cá trong vùng lõi. Khi sốkhách này tăng lên, nếu không có biện pháp quản lý chặt chẽ có thể dẫn đến khai thác quá mức làm giảm sút sự đa dạng các loài cá trong vùng, đặc biệt lượng rác thải khách du lịch thải ra có thể gây ô nhiễm môi trường sống trong khu vực.